對于潔凈室施工來說，在圍護結構符合凈化要求（如防塵、防起塵、防滲漏等）的情況下，潔凈室凈化空調系統是潔凈室的關鍵，也是技術含量最高的地方。凈化空調系統提供經過過濾的潔凈空氣，是潔凈室的潔凈度的保障，在有優質過濾器的前提下，凈化空調系統如何迅速有效的阻止室外污染進入、并迅速排除室內的污染，是設計的重點。
一、凈化空調系統的送風量
對于普通亂流潔凈室而言，維持潔凈室的不同潔凈度，是通過向潔凈室送入不同量的潔凈空氣，同時排走相應量的污染臟空氣這樣一種稀釋作用，達到一個動態平衡來維持所要求的潔凈度；而單向流潔凈室，則是通過潔凈空氣的氣流擠壓作用維持潔凈度；因此凈化空調系統的風量（包括送風量、和排風量）就是其非常重要的一個參數，只有保證了風量才能使潔凈室在動態使用中有足夠的抗污染干擾能力，才能保證較短的潔凈室自凈時間。因此風量是潔凈室質量保證的核心手段。
通常施工單位會簡單的根據不同級別要求的換氣次數計算出一個送風量，但是這個送風量受很多因素的影響。首先，空調送風機的風量是與其全壓有關的，不同的全壓就有不同的風量。這可以簡單的理解為在不同的系統阻力下，空調機的送風量是不同的，例如選擇的送風機為風量-12000m3/h，全壓-800Pa，而系統經過三級過濾器及風管系統，其阻力達到1000Pa，在這樣情況下，送風機根本不可能送出12000m3/h的風量。即便是送風機選型時，符合了系統阻力，但是由于凈化空調系統有系統阻力變化范圍大的特點（特別對于直排系統，這種情況更加嚴重），潔凈室在使用一段時間后，隨著過濾器的堵塞，風量將會明顯下降，造成潔凈度的變差。在某些發塵量大的環境中，例如工作人員多、設備運行干擾大的情況下，不能簡單的根據級別選取一定的換氣次數，風量的計算應根據室內發塵量進行計算，才能保證在動態情況下潔凈度也能夠保證。計算見式1
Nv＝ψ（60GX10-3）/（N-Ns）
式中:Nv一不均勻分布時的換氣次數
G一動態發塵量
N一要求達到的含塵濃度
Ns一送風口處送風含塵濃度
ψ一不均勻分布系數。
雖然按照式1進行計算的換氣次數更符合實際情況，有時仍然與實際會有較大出入，因此在設計選型中，對于風量的計算應充分考慮到實際情況根據理論和經驗進行確定。進行風機選型時必須考慮系統阻力及其變化，風機全壓應該符合系統阻力要求，盡量選用特性曲線陡直的風機。為克服凈化空調系統阻力變化范圍大的問題，簡單的一般通過在送、回風管道上安裝風量調節閥，根據過濾器的阻力變化進行閥門開度調節，使系統保證送風量的基本恒定；比較好的方法是采用變頻控制，根據系統阻力變化調節風機轉速，在保證風量的前提下，使風機經常處于高效經濟使用區，同時達到節能的目的。
某些設計施工單位，為達到潔凈度的保證，盲目加大換氣次數，增加風量，例如10萬級的潔凈室換氣次數高達四五十次。這樣雖然保證了潔凈度的要求，降低了調試難度，但是大大增加了建設費用和將來的運行費用。給業主帶來了不必要的浪費。
二、排風或回風
排風或回風也是一個關鍵點，潔凈室內產生的污染需要通過排風排出室外，才能保持室內的含塵濃度，同時排風量（或回風量）要與送風量保持一定差值以維持潔凈室內的正壓或負壓，因此設計時對于排風量也必須認真計算，并配置合適的排風機。有些施工單位連排風機都不安裝，認為通過送風正壓就可將風排出室外，這是非常錯誤的。
三、氣流組織
房間氣流組織的設計也是非常重要的，必須根據潔凈室的級別和特點，精心的設計和配置送風口、排（回）風口的類型、位置、數量、大小，才能保證潔凈室的換氣次數，使室內的空氣沿一定方向流動，從而能夠迅速有效的排除室內污染，并防止造成二次污染。目前亂流潔凈室常用的氣流組織形式大都為頂送式，主要采用的方式為過濾器頂送式、擴散風口頂送式、散流器頂送式等，這些方式都有其不同的特點，需要根據實際情況進行選擇。
四、通風風管
通風管道也是凈化空調系統的關鍵，其尺寸設計必須嚴格規范要求，在很多改造項目中由于空間的問題或者施工單位為節約材料，減少風管尺寸，就會造成系統阻力增加，風量減少，或風速過高造成較大噪音，嚴重影響潔凈室的指標。