在食品工廠設(shè)計中，對食品工廠潔凈室不僅依靠空氣過濾的方法，使送入食品工廠潔凈室內(nèi)的空氣中的生物或非生物微粒數(shù)量受到嚴格控制，還要對室內(nèi)器具、地面、墻面、壁板等表面進行消毒處理。因此，生物潔凈室除了滿足一般食品工廠潔凈室的要求外，其內(nèi)部材料還要能經(jīng)受各種滅菌劑的侵蝕。
通過亞高效或高效過濾器的空氣可視為無菌空氣，但是過濾僅是一種除菌手段，并沒有殺菌作用，由于食品工廠潔凈室內(nèi)有人員、物料等污染源存在，因此只要有微生物所需要的營養(yǎng)源存在的地方，就可能使微生物生存、繁衍。因此食品工廠潔凈室的設(shè)計、管理運行中決不可忽視消毒滅菌措施。
傳統(tǒng)的滅菌方法有紫外線滅菌、藥劑滅菌和加熱滅菌。這些方法已被人們熟知，其安全可靠性已被長期的實踐確認。但這些方法也有各自的缺陷，如紫外線殺菌，其裝置設(shè)置和使用都較方便，但因穿透能力有限，對紫外線照射不到的地方，滅菌效果不好，且燈管壽命短，更換頻繁，運行費用高；化學(xué)試劑滅菌，如甲醛熏蒸法，操作麻煩，熏蒸時間長，有二次污染物，對體有一定的危害，熏蒸后殘留物附著在潔凈室的墻面和設(shè)備表面等，需要擦凈，有時處理不當(dāng)，在滅菌后的數(shù)日內(nèi)，其懸浮粒子數(shù)會有所增加；加熱滅菌包括干熱和濕熱，其缺點是溫度高、能耗大，有些物品如某些原材料、儀器儀表、塑料制品等則不宜采用。
近年來，臭氧滅菌在醫(yī)藥產(chǎn)品、生物藥品制造過程中得到日益廣泛的應(yīng)用，臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁體和芽孢、病毒、真菌等，可破壞內(nèi)毒桿菌毒素。臭氧在水中的殺菌作用較氯快。臭氧滅菌方法現(xiàn)已在一些生物潔凈室用于管道和容器的消毒滅菌，通過凈化空調(diào)系統(tǒng)對潔凈室滅菌，物品的表面消毒和水的消毒滅菌等。
在具體的食品工廠潔凈室中采用哪一種滅菌方法，應(yīng)根據(jù)食品工廠潔凈室的用途、產(chǎn)品生產(chǎn)工藝特點和采用的生產(chǎn)設(shè)備的實際情況確定。
臭氧（O3）是氧的同類異形體。臭氧是一種強氧化劑，它的滅菌過程屬于生物化學(xué)氧化反應(yīng)，氧化分解細菌內(nèi)部氧化葡萄糖所必須的葡萄糖氧化酶；可直接與細菌、病毒發(fā)生作用，破壞其細胞、核糖核酸等。臭氧屬于溶菌類的滅菌劑，當(dāng)空氣中含有一定濃度臭氧（2～15）×10-6］，對細菌、病毒等微生物內(nèi)部結(jié)構(gòu)有極強的氧化破壞性，可達到殺滅細菌繁殖體、芽孢、甲乙型肝炎病毒、真菌和原蟲胞囊等各種細菌，還可破壞內(nèi)毒桿菌的毒素及立克次氏體等。臭氧具有很強的除霉、腥、臭，防霉、防蟲蛀等作用。
臭氧滅菌法與紫外線法、化學(xué)熏蒸法等相比，具有操作使用方便，不像甲醛熏蒸法費工費時，也沒有二次污染的清洗問題；不像紫外線照射法可能出現(xiàn)的死角，臭氧的擴散作用可使任何角落都得到消毒滅菌。目前臭氧滅菌法已在國內(nèi)200多家醫(yī)藥工廠使用，主要用于潔凈室消毒滅菌和凈化空調(diào)系統(tǒng)，對純水及注射水消毒滅菌等，已有20多家通過GMP認證。醫(yī)藥工廠潔凈室的臭氧滅菌一般是在凈化空調(diào)系統(tǒng)等適當(dāng)位置安裝臭氧發(fā)生器，消毒滅菌時關(guān)閉新風(fēng)進口和回風(fēng)對外排放風(fēng)閥，使裝置外形整個被消毒滅菌的潔凈室空氣通過風(fēng)管形成循環(huán)狀態(tài)，每天開機做空氣滅菌1～1.5h。