藥廠潔凈廠房內的管道布置除應遵守一般化工車間管道布置的有關規定外，還應遵守如下布置原則。
1、藥廠潔凈廠房的管道應布置整齊，引入非無菌室的支管可明敷，引入無菌室的支管不能明敷。應盡量縮短潔凈室內的管道長度，并減少閥門、管件及管架或支架數量。
2、藥廠潔凈室內公用系統主管應敷設在技術夾層、技術夾道或技術豎井中，但主管上的閥門、法蘭和螺紋接頭不宜設在技術夾層、技術夾道或技術豎井內，而吹掃口、放凈口和取樣口則應設置在技術夾層、技術夾道或技術豎井外。
3、從藥廠潔凈室的墻、樓板或硬吊頂穿過的管道，應敷設在預埋的金屬套管中，套管內的管道不得有焊縫、螺紋或法蘭。管道與套管之間的密封應可靠。
4、穿過軟吊頂的管道，不應穿過龍骨，以免影響吊頂的強度。
5、排水主管不應穿過有潔凈要求的房間，潔凈區的排水總管頂部應設排氣罩，設備排水口應設水封裝置，以防室外窨井污氣倒灌至潔凈區。
6、有潔凈要求的房間應盡量少設地漏，100級潔凈室內不宜設地漏。有潔凈要求的房間所設置的地漏，應采用帶水封、格柵和塞子的全不銹鋼內拋光的潔凈室地漏。
7、管道、閥門及管件的材質既要滿足生產工藝要求，又要便于施工和檢修。管道的連接方式常采用安裝、檢修和拆卸均較為方便的卡箍連接。
8、法蘭或螺紋連接所用密封墊片或墊圈的材料以聚四氟乙烯為宜，也可采用聚四氟乙烯包覆墊或食品橡膠密封圈。
9、純水、注射用水及各種藥液的輸送常采用不銹鋼管或無毒聚乙烯管。引入藥廠潔凈室的各支管宜用不銹鋼管。輸送低壓液體物料常用無毒聚乙烯管，這樣既可觀察內部料液的情況，又有利于拆裝和滅菌
10、輸送無菌介質的管道應有可靠的滅菌措施，且不能出現無法滅菌的“盲區”。輸送純水、注射用水的主管宜布置成環形，以避免出現“盲管”等死角。
11、藥廠潔凈室內的管道應根據其表面溫度及環境狀態（溫度、濕度）確定適宜的保溫形式。熱管道保溫后的外壁溫度不應超過40°，冷管道保冷后的外壁溫度不能低于環境的露點溫度。此外，潔凈室內管道的保溫層應加金屬保護外殼。