化學制藥廠排出的污染物通常具有毒性、刺激性和腐蝕性，這也是制藥工業污染的共同特征。此外，制藥廠的污染物還具有組分多、數量大、間歇排放、pH不穩定、化學需氧量（COD）高等特點。這些特點與防治措施的選擇有直接的關系。
一、組分多、相對量大
制藥廠對環境的污染主要來自于原料藥的生產。雖然原料藥的生產規模通常較小，但排出的污染物的數量相對較大；且化學原料藥的生產具有反應多而復雜、工藝路線較長等特點，因此所用原輔材料的種類較多，反應形成的副產物也多，有的副產物甚至連結構都難以搞清，這給污染的綜合治理帶來了很大的困難。
二、間歇排放
由于藥品生產的規模通常較小，因此化學制藥廠大多采用間歇式生產方式，污染物的排放自然也是間歇性的。間歇排放是一種短時間內高濃度的集中排放，而且污染物的排放量、濃度、瞬時差異都缺乏規律性，這給環境帶來的危害要比連續排放嚴重得多。此外，間歇排放也給污染的治理帶來了不少困難。如生物處理法要求流入廢水的水質、水量比較均勻，若變動過大，會抑制微生物的生長，導致處理效果顯著下降。
三、pH不穩定
化學制藥廠排放的廢水，有時呈強酸性，有時呈強堿性，pH很不穩定，對水生生物、構筑物和農作物都有極大的危害。在生物處理或排放之前必須進行中和處理，以免影響處理效果或者造成環境污染。
四、化學需氧量高
化學制藥廠產生的污染物一般以有機污染物為主，其中有些有機物能被微生物降解，而有些則難以被微生物降解。因此，一些廢水的化學需氧量很高，但生化需氧量卻不一定很高。對于那些濃度高而又不易被生物氧化的廢水要另行處理，如萃取、焚燒等。否則，經生物處理后，出水中的化學需氧量仍會高于排放標準。