送入藥廠潔凈室（區）的空氣要與藥廠潔凈室（區）的潔凈等級、溫度和濕度相適應，因此，空氣不僅要經過一系列的凈化處理，而且要經過加熱、冷卻或加濕、去濕處理。下圖是典型的凈化空調系統流程示意圖。
上圖所示的流程采用了一級初效、二級中效和三級高效過濾器，可用于任何潔凈等級的潔凈室。凈化空調系統的初效和中效過濾器一般集中布置在空調機房，而三級高效過濾器常布置在凈化空調系統的末端，如潔凈室的頂棚上，以防送入潔凈室的潔凈空氣再次受到污染。若潔凈室的潔凈等級低于D級，則凈化空調系統中可不設高效過濾器。若潔凈室內存在易燃易爆氣體或粉塵，則凈化空調系統不能采用回風，以防易燃易爆物質的積聚。
許多藥物生產所用的潔凈室均要設置獨立的空調凈化系統，如避孕藥物、β-內酰胺類藥物（青霉素類藥物）、激素類藥物和放射性藥物等。
青霉素類等高致敏性藥物所用空調凈化系統的排風口應遠離其他空氣凈化系統的進風口，并安裝高效過濾器，使排出氣體中無殘留的青霉素類藥物，以免對環境造成污染。
激素等對人體有嚴重危害的藥物，凈化空調系統的循環送風應經過初效、中效和高效三級過濾器，其目的并非為了控制室內粉塵的粒度，而是為了濾除循環空氣中的有害藥物粉塵，以減少對工作人員健康的危害。
放射性藥物生產區排出的空氣不能循環使用，排氣應符合國家關于輻射防護的有關要求和規定，其中不應含有放射性微粒，以免對環境造成污染。
干燥、稱重和包裝工序的成品，均處于敞口狀態，送風口和回風口的位置很重要，一般以頂部或側面送風，下側回風方式為好，以免粉塵飛揚。粉碎、過篩工序會產生大量粉塵，致使車間內部無法控制粉塵粒度，此時僅需控制溫度和濕度，給工作人員一個舒適的環境。