對于藥廠設計來說，單層廠房的高度是指地面至屋架（屋面梁）下弦的高度。在一般情況下，單層廠房屋架下弦底面至地面的高度與柱頂距地面的高度基本相等。所以，常以柱頂標高來衡量廠房的高度。當然，如果藥廠廠房柱子支承的是下沉式屋架，那么，單層廠房的高度就是指屋架下弦底面至地面的高度。柱子長度仍滿足模數協調標準的要求。柱頂標高通常是按最大生產設備在使用、安裝和檢修時所需的凈空間高度來確定的。同時，藥廠廠房高度還必須滿足采光和通風的要求。并且，柱頂標高應符合擴大模數3M數列的要求。一般廠房柱頂標高不小于3.90m。《廠房建筑模數協調標準》中規定，鋼筋混凝土結構的柱頂標高，應按3M數列確定，牛腿標高也按3M數列確定。柱子埋入地下部分也需滿足模數化要求。
在平行多跨廠房中，由于各跨設備不同，各跨在確定柱頂標高后，可能出現平行不等高跨。這樣，在高低跨度之間需增設牛腿墻梁、女兒墻、泛水等，使構件類型增多，結構和構造復雜，施工麻煩。若兩跨間相差不大時，可將低跨標高升至高跨的標高。這樣，雖然增加了材料，但使結構、構造簡單，施工簡化，還是比較經濟的。規范規定:“在工藝有高低要求的多跨廠房中，當高差值不大于1.2m時，不宜設置高度差。在不采暖的多跨廠房中高度一側僅有一個低跨，且高差不大于1.8m時，也不宜設置高度差。”所以，剖面設計中應盡可能采用平行等高跨。
確定藥廠廠房高度時，應在滿足生產要求的前提下充分利用空間，使柱頂標高降低。利用屋架與屋架之間的空間，利用屋頂空間可起到縮短柱子長度的作用。利用地下空間亦可起到縮短柱子長度的作用。
在藥廠設計中，單層廠房室內地面的標高，由廠區總面積設計確定。為防止雨水浸入室內，室外標高應低于室內標高。室內外高差宜小，一般為100～150mm為便于車間大門通行汽車等運輸工具，應在大門設置坡道，其坡度不宜過大。
對于潔凈廠房而言，不論是多層或單層其室內地面的標高應高出室外地坪0.5～1.5m。如有地下室可充分利用，將冷熱管、動力設備、冷庫等優先布置在地下室內。生產車間的層高為2.8～3.5m，技術夾層凈高1.2～2.2m，庫房層高4.5～6m（因為采用高架庫），一般辦公室、值班室高度為2.6～32m。潔凈廠房的技術夾層用于送、回風管的敷設和其他管線的暗敷，其結構尺寸應滿足風道、管線的安裝、檢修和防火要求。