在藥廠設計中，設計師不僅要設計制藥車間，還有設計實驗動物房，值得注意的是，實驗動物房的潔凈度與普通的凈化車間的潔凈度是完全不同的，作用也是完全不同的，下面我們就談下藥廠設計之實驗動物房的作用。
在藥廠設計中，為保證實驗動物的飼養和實驗能順利進行，實驗動物房應設置相應的空氣凈化系統，保證其環境質量。
在藥廠中，實驗動物房的主要功能是:
（1）生產各等級的潔凈動物。
（2）利用潔凈動物研究微生物對動物的影響，化學物質對動物的安全性及藥效等。微生物感染是影響實驗結果和決定實驗動物能否長期飼養的重要因素。除作為研究對象的微生物外，其他病原體均屬外因感染。設置有空氣凈化系統的實驗動物房的目的是控制外因感染。
（3）利用潔凈動物或普通動物，研究各種感染病癥，或對可能帶有危險感染病癥的野生動物進行各種實驗研究。采用空氣凈化技術的目的主要是防止病原體對實驗人員等造成危害，防止動物對人的感染及動物之間的感染。