在進行藥廠設計的時候，為了保證潔凈室在正常工作或空氣平衡暫時受到破壞時，如開關門時，氣流都能逐漸地從空氣潔凈度高的區域流向空氣潔凈度低的區域，使室內潔凈度不會受到污染空氣的干擾，所以潔凈室必須保持一定的正壓。正壓值應選擇恰當。
如過小則潔凈室的正壓容易被破壞，影響室內潔凈度；如過大則空調凈化系統處理風量增大，空調負荷增加，過濾器使用壽命縮短，所以不經濟。此外正壓值高于50Pa時，潔凈室的門內開就很費勁。
在藥廠設計中，國內外相關標準對潔凈室的正壓值都作了規定。例如美國聯邦標準FS—209b中規定潔凈室與任何相鄰的低潔凈度區域之間的最小正壓差為13Pa（0.05in水柱）美國宇航局標準的規定值與FS209b相同。日本的規定如下:
不同級別潔凈室之間最小壓差為5Pa；
潔凈室和準潔凈室之間最小壓差為10Pa；
潔凈室和一般房間之間最小壓差為15Pa；
對于藥廠設計來說，我國《潔凈廠房設計規范》規定“潔凈室必須維持一定的正壓。不同等級的潔凈室以及潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差，應不小于5Pa，潔凈區與室外的靜壓差，不應小于10Pa。”
對于藥廠設計來說，藥品生產管理規范（GMP）實施指南也有類似的規定。規定中作了如下說明:“潔凈室必須維持一定的正壓，可通過使送風量大于排風量的辦法達到。不同等級的潔凈室以及潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差應大于或等于5Pa，潔凈區與室外的靜壓差應大于或等于10Pa。工藝過程產生大量粉塵、有害物質、易燃易爆物質的工序，其操作室與其他房間或區域之間應保持相對負壓。”此條后半部分結合了制藥工藝的特點，特別指明某些生產工藝過程產生粉塵及其他有害物質時，維持與其他區域的相對負壓，防止有害物擴散并污染其他區域也是壓差控制的一個重要方面。